Il est fait grand-croix de la [[Légion d'honneur]] en 1889<ref>[http://www.culture.gouv.fr/public/mistral/leonore_fr?ACTION=CHERCHER&FIELD_1=COTE&VALUE_1=LH%2F25%2F63 « Notice no LH/25/63 », base Léonore, ministère français de la Culture]</ref>.
Jean-Charles Alphand est inhumé au [[cimetière du Père-Lachaise]], dans la 66{{e}} division.