À l’occasion de la construction du musée, des fouilles sont menées par l'Institut national de recherches archéologiques préventives (Inrap). On y découvre que le site est situé sur le tracé de la [[Seine]] ancienne.
Une pirogue antique, ensablée, est mise à jour<ref>Je n'ai aucune idée de ce qu'est devenue cette pirogue</ref>, le ponton d'une ancienne [[Pêcherie mérovingienne sous le quai Branly|pêcherie ]] est également mis à jour<ref>[http://www.inrap.fr/archeologie-preventive/Recherche-scientifique/Archeopages/Les-numeros/24-25-26-27-2009/Numero-26/Dossier-Peches/p-11684-Une-pecherie-merovingienne-sous-le-quai-Branly.-Les-plus-anciens-temoignages-de-pecherie-associee-a-un-moulin-.htm Une pêcherie mérovingienne sous le quai Branly. Les plus anciens témoignages de pêcherie associée à un moulin ?]</ref>.
Toutefois les délais de construction du musée, souhaité par un président de la République, seront respectés, sans prendre le temps de poursuivre les fouille, ne serait-ce que pour s'assurer qu'on ne détruisait pas un site majeur de l'histoire et la formation de Paris ?